建筑企业预缴增值税、附加税和所得税，计税依据都可以扣除分包款吗？

根据《国家税务总局关于发布<纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第17号）以及《财政部、国家税务总局关于建筑服务等营改增试点政策的通知》（财税〔2017〕58号）的规定，预缴增值税的基数为纳税人收取的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，也就是说允许差额预缴。

根据《财政部、国家税务总局关于纳税人异地预缴增值税有关城市维护建设税和教育费附加政策问题的通知》（财税〔2016〕74号）的规定，预缴附加税的基数是预缴的增值税税额，由于增值税预缴允许差额，附加税实际上也是允许差额预缴的。

根据《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函〔2010〕156号）的规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，预缴企业所得税的方法是，按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。

所得税含义下的项目实际经营收入应为收入概念，是总额口径，不能扣除分包成本，分包单位预缴分包单位的企业所得税，总包单位预缴总包单位的所得税，这个不叫重复征税。

根据《国家税务总局关于印发<建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法>的通知》（国税发〔1996〕127号）第六条的规定，从事建筑安装业的单位和个人应设置会计账簿，健全财务制度，准确、完整地进行会计核算。对未设立会计账簿，或者不能准确、完整地进行会计核算的单位和个人，主管税务机关可根据其工程规模、工程承包合同（协议）价款和工程完工进度等情况，核定其应纳税所得额或应纳税额，据以征税。具体核定办法由县以上（含县级）税务机关制定。

可见，异地施工预缴个人所得税的基数是工程承包价款，这也是一个总额概念，不能扣除分包款。

增值税和附加税费允许差额预缴，而企业所得税和个人所得税应当全额预缴，这是由流转税和所得税的税种性质决定的，它们并不是同一口径。至于各地自行决定征收的印花税、工会经费、水利基金等，其预缴基数并无明文规定，我个人倾向于应当按照差额预缴。

当然，在实务操作中出于便利征管等因素，有为数不少的税务机关允许建筑企业差额预缴所有的税费，这也许就是政策与征管的差异吧。